روز آخر ماه سنه‌ي دويست و بيست، بنا بر مشهور حضرت امام محمّدتقى (عليه‌السّلام)، به زهر معتصم در بغداد شهيد شد و اين بعد از دو سال و نيم، تقريباً از فوت مأمون گذشته بود؛ چنان كه خود آن جناب مىفرمود: الفرج بعد المأمون بثلاثين شهرا. و اين كلمه مشعر است بر آنكه، آن حضرت از سوء معاشرت مأمون در كمال اذيت و صدمه بوده كه مرگ خود را فرج و گشايش خود تعبير نموده؛ چنان كه پدر بزرگوارش حضرت امام رضا (عليه‌السّلام) در زمان ولايت عهد خود نيز چنين بوده و در هر جمعه كه از مسجد جامع مراجعت مىفرموده، به همان حالى كه عرق‌دار و غبارآلود بوده، دستها را به درگاه الهى بلند مىكرد و مىگفت: الهى! اگر فرج و گشايش امر من در مرگ من است، پس همين ساعت در مرگ من تعجيل فرما و پيوسته در غم و غصّه بود تا از دنيا رحلت فرمود.
حضرت امام محمّدتقى (عليه‌السّلام) در وقتى كه وفات كرد، از سنّ شريفش بيست و پنج سال و چند ماهى گذشته بود. قبر شريفش در بقعه‌ي مباركه‌ي كاظميه پشت سر جدّ بزرگوارش حضرت امام موسى (عليه‌السّلام) واقع است.