امام هادی در خانه‌ای که در سامرا ساکن بود، دفن شد.[۱۰۶] محل دفن امام هادی(ع) و فرزندش امام حسن عسکری(ع) در سامرا به حرم عسکریین شناخته می‌شود. پس از دفن امام هادی(ع) در خانه‌اش، امام عسکری(ع) برای مقبره پدرشان خادمی را تعیین کرد. در سال ۳۳۳ قمری،ناصرالدوله حمدانی قبه‌ای برای حرم بنا کرد و مهمان‌سرایی برای زائران آن ساخت. در دوران آل بویه، معزّالدوله و عضدوالدوله ساختمان‌ها و تأسیساتی برای حرم می‌سازند و گنبد و ضریح را بازسازی می‌کنند. در سال ۱۳۳۵ش ضریحی از طلا و نقره، بر آن نصب شد.[۱۰۷]
در سال‌های ۱۳۸۴ و ۱۳۸۶ش قسمت‌هایی از حرم عسکریین در انفجارهای تروریستی تخریب شد.[۱۰۸] [۱۰۹] ستاد بازسازی عتبات عالیات ایران از سال ۱۳۸۹ش بازسازی آن را آغاز و در سال ۱۳۹۴ش به پایان برده است. ضریح حرم نیز به همت آیت الله سیستانی ساخته شده است.[۱۱۰]